2018年11月，党中央、国务院正式批准《上海市机构改革方案》，2018年11月11日，上海市委、市政府召开全市机构改革动员会进行动员部署。上海市卫生健康委员会，是上海市人民政府机构改革新组建的单位。
2020年9月，上海市委、市政府决定，授予其“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。