上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1921年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院 [1]，是一家三级甲等医院。
2021年8月，上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔颅颌面科被评选为第20届全国青年文明号。